Sejarah berdirinya Universitas Islam Negeri (UIN) Fatmawati Sukarno Bengkulu tidak lepas dari semangat masyarakat Bengkulu untuk memiliki perguruan tinggi keagamaan Islam negeri yang berdiri sendiri

Awal perjuangan ini dimulai pada tahun 1963 dengan berdirinya Fakultas Syariah di Curup, Rejang Lebong di bawah Yayasan Taqwa (Yaswa) IAIN Sumatera Selatan. Setahun kemudian, fakultas tersebut berubah menjadi Fakultas Ushuluddin Yaswa IAIN, dan diresmikan sebagai Fakultas Ushuluddin IAIN Raden Fatah Palembang Cabang Curup.

Di Kota Bengkulu, Yaswa juga mendirikan Fakultas Syariah yang mendapat dukungan penuh dari Gubernur H.M. Ali Amin. Perjuangan panjang akhirnya membuahkan hasil pada Juni 1971, ketika fakultas ini dinegerikan menjadi Fakultas Syariah IAIN Raden Fatah Cabang Bengkulu.

Upaya menghadirkan IAIN tersendiri di Bengkulu semakin menguat pada masa Gubernur Letkol Soeprapto. Atas dorongan masyarakat, didirikan Fakultas Tarbiyah Semarak Bengkulu. Namun, fakultas ini tidak sempat dinegerikan sehingga ditutup. Masyarakat kemudian kembali memperjuangkan hadirnya fakultas pendidikan dengan mengusulkan Kelas Jauh Fakultas Tarbiyah IAIN Raden Fatah di Bengkulu, yang resmi beroperasi pada 1 Juli 1984. Perjuangan panjang ini berbuah manis dengan berdirinya Fakultas Tarbiyah IAIN Raden Fatah Cabang Bengkulu pada 9 Juli 1994.

Dengan lengkapnya tiga fakultas (Syariah, Ushuluddin, dan Tarbiyah), syarat berdirinya IAIN di Bengkulu pun terpenuhi. Proposal pendirian IAIN Bengkulu diajukan pada 1996. Namun, pemerintah memutuskan kebijakan baru dengan membentuk Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) di seluruh Indonesia. Melalui Keputusan Presiden Nomor 11 Tahun 1997, berdirilah STAIN Bengkulu yang diresmikan oleh Menteri Agama, Dr. H. Tarmizi Taher, pada 30 Juni 1997.

STAIN Bengkulu terus berkembang. Dari hanya 3 jurusan dan 6 program studi, jumlahnya meningkat signifikan hingga akhirnya pada 25 April 2012 berubah status menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Bengkulu melalui Peraturan Presiden Nomor 51 Tahun 2012. Prof. Dr. H. Sirajuddin M, M.Ag., M.H. menjadi Rektor pertama IAIN Bengkulu.

Perubahan besar kembali terjadi dengan terbitnya Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2021 yang secara resmi mengubah IAIN Bengkulu menjadi UIN Fatmawati Sukarno Bengkulu. Transformasi ini diperkuat dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 29 Tahun 2021. Pada 31 Desember 2021, Menteri Agama H. Yaqut Cholil Qoumas melantik Prof. Dr. KH. Zulkarnain, M.Pd. sebagai Rektor pertama UIN Fatmawati Sukarno Bengkulu.

Di bawah kepemimpinan beliau, UIN Fatmawati Sukarno Bengkulu berkembang pesat, menjadi Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri pertama di Bengkulu yang terakreditasi Unggul, berstatus sebagai Perguruan Tinggi Badan Layanan Umum (BLU), serta berhasil melahirkan puluhan Guru Besar (Profesor).

Kini, UIN Fatmawati Sukarno Bengkulu memiliki 4 fakultas dan Pascasarjana dengan jenjang pendidikan Sarjana (S1), Magister (S2), dan Doktor (S3) yang siap mencetak generasi unggul, moderat, dan berdaya saing global.