“Studi Islam, kebangsaan, dan Peradaban, yang menjadi bintang pemandu (the guiding stars) bagi sivitas akademika UIN FAS dalam meniti peta jalan (road map) menuju masa depan yang gemilang. Masing-masing nilai pokok tersebut harus diartikulasikan dan diterjemahkan dalam bentuk kebijakan dan kegiatan yang terkait langsung dengan Tri Dharma perguruan tinggi.

UIN FAS bercita-cita ingin menjadi univeristas yang mendalam dalam melakukan kajian keislaman (tafaqquh fi al-dien) dan diikuti tanggung jawab (komitmen) mengaktualisasikannnya dalam kehidupan praktis.

Tafaqquh fi al-ddin adalah untuk pekerjaan mengerti, memahami, dan mendalami seluk-beluk ajaran agama Islam. Tafaqquh fi al-dien untuk revitalisasi ilmu yang mencakup: menuntut ilmu, membiasakan ilmu, membiasakan menulis, menjaga semangat menuntut ilmu, merenung, berbuat, dan berfikir dalam ilmu, menuntut ilmu sepanjang hayat.

Mengandung prinsip transendesi (melangit) dan imanensi (membumi) akan menjadi distingsi kajian keilmuan di UIN FAS. Hal ini sejalan dengan model- model kajian keilmuan Islam kontemporer yang tidak hanya berpijak kepada penjelasan literal/tersurat terhadap nash-nash keagamaan (bayani) atau penjelasan tersirat terhadap nash-nash keagamaan (qiyasi), tetapi juga berusaha mensinergikan dan mendialektikakan dengan perkembangan wacana keilmuan dan sains kontemporer (istishlahi).

Dengan kata lain, pembangunan wawasan keilmuan Islam di UIN FAS dilakukan dengan mensinergikan antara applied science (ilmu-ilmu terapan) dengan pure science (ilmu-ilmu dasar).